I 1951 fik den Systematiske Geologiske Undersøgelse en ny femårig bevilling, og i 1956 blev institutionen langt om længe permanent.
Geolog Knud Ellitsgaard-Rasmussen blev udnævnt som chef. Han fik hurtigt sin sag for i samspillet med den nyoprettede Atomenergikommission (AEK), der havde den mest indflydelsesrige danske forsker nogensinde som formand, nemlig nobelpristageren i fysik Niels Bohr.
Kommissionen fik med forbløffende hurtighed og gennemslagskraft skaffet store økonomiske bevillinger til bygning af tre reaktorer på Atomforsøgsstation Risø ved Roskilde Fjord.
Målet var fredelig udnyttelse af atomkraft i Danmark. Plus selvforsyning med atombrændsel i form af uran fra Kvanefjeldet i Sydgrønland.
Uranforekomsten blev opdaget i 1955 af oberstløjtnant V.L. Mouritzen, som på vegne af Atomenergikommissionen besøgte Kvanefjeldet udstyret med en af forsvarets geigertællere, som måler radioaktivitet. Snart efter begyndte Atomenergikommissionen at bestille arbejde hos GGU.
Måden, det skete på, brød Ellitsgaard-Rasmussen sig ikke om, hvilket fremgår af hans beretning om GGU’s tilblivelse ‘En stjerne fødes’:
"Denne kommission optrådte meget magtfuldt og dikterede geologiske arbejdsopgaver til GGU, selv om den fra begyndelsen ikke rådede over geologisk sagkundskab. Når diktatet i sit geologiske indhold ikke var fyldestgørende, måtte det give anledning til konfrontation. Hvis de ansvarlige geologer ikke reagerede imod sådanne tiltag fra såvel Ministeriets som Atomenergikommissionens side, ville de komme i konflikt med deres faglige samvittighed. Men hvis de påtalte eventuelle problemer, kunne det skade samarbejdsklimaet."